Het Sectorbestuur Onderwijsarbeidsmarkt (SBO) heeft het programma van InnovatieImpuls Onderwijs ontwikkeld en coördineert de uitvoering in opdracht van het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap (OCW). SBO draagt, in samenwerking met Stichting Nederland Kennisland, zorg voor de communicatie over het project, het informeren en aansturen van de verschillende betrokken partijen, de totstandkoming van de innovatieconcepten, de ondersteuning van scholen bij de uitwerking van de projectplannen en het samenstellen van een groep kritische vrienden. De uitvoering van de regeling en de ondersteuning van de jury wordt (in opdracht van het Ministerie van OCW) gedaan door Agentschap NL. De volgende partijen zijn nauw betrokken: de PO-raad, de VO-raad, AOb en CNV Onderwijs.